Les essais randomisés ne sont pas la panacée pendant les épidémies 15 juin 2020
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 1 720 fois | ajouter un commentaire
Un petit papier de l’IHU Marseille avec un exemple historique intéressant :
5 patients ont prouvé au départ l’efficacité de la pénicilline.
« Quand même des données scientifiques imparfaites montrent un effet positif trivialement évident (« obvious »), il n’est pas éthique de réaliser un essai randomisé parce qu’il met les malades devant l’alternative de ne pas être soignés (groupe de contrôle) ou d’être soignés avec une molécule efficace.
Il a fallu 5 patients à Sir Edward Abraham pour démontrer définitivement que la pénicilline sauvait 100% des patients atteints de staphylocoque ou de streptocoque.
Aujourd’hui,il ne viendrait évidemment à l’idée de personne de tester l’efficacité de la pénicilline sur les pneumonies à pneumocoque contre un placebo. »
Le choix de cet exemple n’est pas anodin. Pour rappel, Raoult s’est décidé sur 6 patients pour sa bithérapie, patients pour lesquels il a observé une annulation de la Charge Virale en 5 jours, événement au départ improbable puisque cette CV est censée mettre 10 à 15 j pour s’annuler sans traitement.
Je rappelle que si on prend un dé, tomber sur le 6 est un événement improbable qui a 17% de chances de se réaliser. Si vous lancez 6 fois un dé, il y a 1 chance / 47 000 qu’il tombe 6 fois de suite sur le 6.
Si cela se passe et que vous êtes un scientifique digne de ce nom, vous DEVEZ conjecturer que le dé est pipé. Dans le cas de Raoult, même chose. Il DEVAIT conjecturer un lien entre sa bithérapie et la baisse observée de la CV, tenter de soigner sur cette base tout en confirmant expérimentalement son observation initiale « au fil de l’eau ». Je ne peux même pas comprendre comment, en raison, ceci peut lui être reproché.
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Méthode et génie chez Diderot
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 1 741 fois | ajouter un commentaire
« Vous ne soupçonnez pas combien je fais peu de cas de la méthode et des préceptes. Celui qui a besoin d’un protocole n’ira jamais loin. Les génies pratiquent beaucoup et se font d’eux-mêmes »
Le Neveu de Rameau, Diderot – encore un populiste.
Dans la pensée 30 de l’Interprétation de la nature, Diderot est encore plus explicite:
» La grande habitude de faire des expériences donne aux manoeuvriers d’opérations les plus grossiers un pressentiment qui a le caractère de l’inspiration. Il ne tiendrait qu’à eux de s’y tromper comme Socrate, et de l’appeler un démon familier. Socrate avait une si prodigieuse habitude de considérer les hommes et de peser les circonstances, que dans les occasions les plus délicates, il s’exécutait secrètement en lui une combinaison prompte et juste, suivie d’un pronostic dont l’événement ne s’écartait guère. Il jugeait des hommes comme les gens de goût jugent des ouvrages d’esprit, par sentiment. Il en est de même en physique expérimentale de l’instinct de
nos grands manoeuvriers. Ils ont vu si souvent et de si près la nature dans ses opérations, qu’ils devinent avec assez de précision le cours qu’elle pourra suivre dans les cas où il leur prend envie de la provoquer par les essais les plus bizarres.Ainsi le service le plus important qu’ils aient à rendre à ceux qu’ils initient à la philosophie expérimentale, c’est bien moins de les instruire du procédé et du résultat, que de faire passer en eux cet esprit de divination par lequel on subodore, pour ainsi dire, des procédés inconnus, des expériences nouvelles, des résultats ignorés. «
Et aussi, toujours Diderot (Lettre à Sophie du 20 octobre 1760)
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La médecine a ses raisons que la raison ne connaît pas 28 mai 2020
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 1 155 fois | ajouter un commentaire
La distinction entre « savoir » et « opinion », censée être établie par le mécanisme de « peer review » a ses limites. Le « peer review » est soumis à des phénomènes de mode (aboutissant alors à une sorte de consensus qui est « l’opinion » de la communauté scientifique) et a probablement privilégié, depuis la révolution industrielle, le développement technique plus que le développement scientifique.
Le peer review peut être perverti par une idéologie, ce qu’on constate dans certaines disciplines où l’opinion moyenne est une idéologie, et donc pire qu’une mode: une croyance. Le peer review devient alors plus une revue par les clercs que par les pairs, au sens où l’entend normalement la communauté scientifique. Le peer review peut aussi être perverti par l’argent, même sans que les chercheurs ne le sachent, car l’introduction de l’intérêt personnel dans la recherche est toujours à même de changer l’équilibre rationnel: la raison est une balance très délicate.
J’ai franchement l’impression, pour avoir parcouru un grand nombre d’études depuis 2 mois, que la médecine est tombée dans cette catégorie. La science médicale a du mal à résister à l’argent investi par les laboratoires. Toutes les publications que j’ai pu lire présentent un « biais publicitaire », à la fois une boursouflure et un manque d’esprit critique vis-à-vis de leurs résultats, qui s’oppose profondément au développement de la science. J’en ai été très surpris.
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La quantité ne fait pas la qualité
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 965 fois | ajouter un commentaire
Prenez 100 000 patients en phase sévère. Vous ne donnez rien à 50 000 d’entre eux. Aux autres 50 000, vous donnez 1,4 g d’hydroxychloroquine, sans aucun suivi si possible. Cette dose énorme va en tuer une bonne partie et ne soigner personne.
Faites une étude big data et mélangez le tout. Vous avez donné en moyenne 0.7 g (dose plus ou moins conseillée) d’hydroxychloroquine à 100 000 personnes. Les 50 000 premiers patients meurent normalement, si j’ose dire, puisqu’ils ne sont pas traités. Les 50 000 patients « traités » meurent énormément, avec de multiples incidents cardiaques, etc.
Concluez alors à l’inefficacité du traitement et au risque énorme induit par l’hydroxychloroquine. Vous obtenez l’étude Lancet. 100 000 mauvaises données ne valent pas une bonne donnée. La quantité ne fait pas toujours la qualité.
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L’extension du domaine de la lutte 25 mai 2020
Par Thierry Klein dans : Politique.Lu 1 018 fois | ajouter un commentaire
Qui est déraciné déracine. Qui est enraciné ne déracine pas. Sous le même nom de révolution, et souvent sous des mots d’ordre et des thèmes de propagande identiques, sont dissimulées deux conceptions absolument opposées.
L’une consiste à transformer la société de manière à ce que les noirs puissent y avoir des racines; l’autre consiste à étendre à toute la société la maladie du déracinement qui a été infligée aux noirs. Il ne faut pas dire ou penser que la seconde opération puisse jamais être un prélude de la première; cela est faux. Ce sont deux directions opposées qui ne se rejoignent pas.
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Grandeur et failles de l’étude Lancet
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 2 125 fois | ajouter un commentaire
L’étude américaine publiée dans le Lancet d’hier sur l’hydroxychloroquine (HCQ), couplée ou non à de l’azithromycine (AZI) est de très loin, semble-t-il, la meilleure étude publiée sur le sujet à ce jour, que ce soit au niveau du nombre de données traitées (96 032 patients, dont 6221 traités avec HCQ+AZI, c’est-à-dire le traitement de Marseille), de la méthodologie (processus expérimental présenté de façon parfaitement claire et compréhensible, en particulier au niveau des critères d’exclusion) et du raisonnement lui-même (logique de l’analyse, clarté et qualité du traitement statistique).
Elle est extrêmement défavorable au traitement Raoult. D’abord au niveau du bénéfice du traitement (23,8% de décès contre 9,3% pour ceux qui n’ont pas reçu le traitement), ensuite au niveau du risque (multiplication par 27 (!) du risque d’arythmie cardiaque lié au traitement ).
Comme le combat est devenu politique, cette étude est abondamment commentée sur les réseaux sociaux. Grosso modo, des progressistes célèbres qui n’ont pas lu l’étude et n’y comprennent rien (Hillary Clinton, Laurent Alexandre, Raphaël Enthoven…) prennent cette étude comme une sorte de confirmation divine, la victoire de la Lumière sur l’Ombre et sont injuriés par des populistes qui n’ont pas lu l’étude, n’y comprennent rien et crient au complotisme – ce qui me paraît tout à fait absurde en l’espèce car cette étude est de grande qualité.
Peut-on faire une critique rationnelle de cette étude ? Voici ce qui me vient à l’esprit à première lecture, je raffinerai l’analyse au fur et à mesure.
1) Une étude qui contredit toutes les autres études et observations
Les résultats en défaveur du traitement sont tellement négatifs qu’ils auraient dû être observés avant. Il ressort de l’étude que suivre la bithérapie Raoult serait un risque du même ordre de grandeur que le diabète ou l’hypertension. Or, ces facteurs de risque sont apparus rapidement, sur des séries bien plus petites, de l’ordre de quelques dizaines de patients. Ils sont donc observés, confirmés, tous les jours par les médecins et les hôpitaux sous la forme d’observations empiriques. A ce niveau d’évidence, les milliers de médecins et d’hôpitaux qui ont donné le traitement auraient du presqu’immédiatement constater qu’il tuait. Ils ne l’ont pas fait et c’est un peu comme si un astronome scrutant les étoiles oubliait de voir la lune. C’est difficilement envisageable, pour ne pas dire impossible à envisage.
Bref, le désavantage associé au traitement est tel qu’il contredit de fait toutes les autres observations et études sorties à ce jour. Problème n°1.
2) Le bourrinage qui tue dans les hôpitaux
J’ai déjà écrit sur ce point, il semble qu’un grand nombre d’hôpitaux ont « bourriné », c’est-à-dire qu’ils ont donné des doses très fortes d’HCQ sans précaution et sans suivi. Et ainsi, on tue presqu’à coup sûr. Trois études au moins mettent, involontairement, ce bourrinage en évidence (aux USA, en France, et aussi au Brésil). Ceci s’est aussi passé en Chine où des doses extrêmement fortes d’HCQ (> 1g) ont parfois été données. Ici, les américains, qui ont l’air d’avoir énormément bourriné, pèsent pour 70% des patients. 80% si on ajoute la Chine (table S1 de l’étude).
3) Le risque lié au traitement a masqué l’avantage lié au traitement
On arrive ici à l’estimation du risque lié au traitement. Ce qui plaide quand même en faveur d’un « bourrinage » criminel, c’est que désavantage lié au traitement (Fig 2) et risque lié au traitement (Fig 3) sont presque parfaitement corrélés d’après l’étude. Il semble bien qu’ici le risque pris (ce que j’appelle bourrinage) a été tel qu’il masque tout avantage potentiel lié au traitement lui-même. Il y a dans l’étude environ 50% de patients présentant un risque cardiaque potentiel (en incluant les hypertensions). Ces patients vont représenter la grande majorité, peut-être 90% des décès. Si vous leur donnez, sans suivi, un traitement aggravant leur condition cardiaque, vous pouvez expliquer des effets tels que ceux constatés dans l’étude, c’est-à-dire une augmentation de la mortalité d’un facteur 2 à 3 totalement lié à l’augmentation du risque (je reviendrai là-dessus plus tard, avec des arguments plus quantitatifs).
La surestimation du risque est une vraie faiblesse de cette étude, pour 2 raisons.
- D’abord, Raoult a très tôt indiqué à Marseille, qu’il fallait réaliser un double suivi ECG au début du traitement et a même décrit exactement le protocole de suivi. Il a pris un maximum de précautions et exclu du traitement un grand nombre de patients, ce qui lui a été reproché beaucoup ayant pris ces exclusions pour une forme de « fraude » non documentée. De fait, le risque cardiaque a été inexistant à Marseille avec aucun décès constaté sur une série de 3000 patients.
- Ensuite, il existe des séries de test presqu’infiniment longues (1 million de personnes) d’estimation du risque sur la CQ et l’HCQ qui concluent à l’absence de risque si utilisées seules depuis plus de 50 ans. On pourrait concevoir un risque supplémentaire lié à la bithérapie (introduction de l’AZI) mais l’étude conclut ici à une nette augmentation du risque même quand l’HCQ est donnée seule, ce qui là encore contredit toutes les études et plaide en faveur d’un bourrinage sans nom dans les hôpitaux.
4) Le groupe de contrôle a reçu un traitement
L’étude ne compare pas le traitement Raoult à une absence de traitement, mais le traitement Raoult à d’autres traitements, puisque 40% des malades recevaient d’autres antiviraux tels que du ritonavir, souvent sous forme de multithérapie. On ne peut exclure le fait que les autres traitements aient bien fonctionné. On doit d’autant moins l’exclure qu’à Hong Kong, une multithérapie ayant des effets positifs semble avoir été trouvée. Et que la facilité avec laquelle Raoult semble avoir trouvé quelque chose qui fonctionne, presqu’au premier essai, plaide en faveur de la découverte d’autres solutions antivirales mettant une pression suffisante sur le virus pour avoir un effet. Il est probable que si on tente de façon pas trop débile, on obtiendra des résultats dans cette histoire. Bref, la bithérapie Raoult peut fonctionner sans être la meilleure qui soit.
5) Le moment où le traitement a été donné
Les patients semblent avoir été traités suffisamment tôt et dans un état pas trop sévère, où le protocole Raoult est censé pouvoir avoir des effets positifs (80% des patients ont un qSOFA < 1 et seuls 10% ont un SPO2 < 94%, délai moyen de 9 jours avant transfert en « intensive care »). Cependant, il faudrait vérifier au moins 2 choses :
- Quelle est la part des patients sévèrement atteints au départ dans les décès constatés ? Si cette part est prépondérante, alors on a encore une fois uniquement observé le risque du traitement sans avantage possible car les patients auront été traités trop tardivement. Or le SPO2 > 94% est recensé dans l’étude comme le facteur de risque de décès le plus important (Figure 2).
- L’étude n’indique pas le nombre de jours entre apparition des symptômes et début du traitement, ce qui est un point absolument clé. Il y a des incohérences apparentes à ce sujet. Les doses de HCQ ont été données 4 j en moyenne mais les patients ont mis 13 j pour mourir. Y a-t-il eu alors traitement intermittent ? Il faudrait vraiment préciser ce point, qui apparaît comme une incohérence. Rappelons aussi que la HCQ mettant sans doute 2 à 3 j pour pénétrer et agir (d’où l’exclusion pour les patients traités moins de 2 ou 3 jours dans beaucoup d’études), cette moyenne de 4 j paraît très faible.
A ce stade, il faudrait donc rentrer dans les détails. Choisir quelques hôpitaux significatifs (au sens où ils reproduisent assez bien les résultats observés dans l’étude) et analyser plus précisément les protocoles réellement donnés en tentant d’effectuer les observations suivantes :
- Y a-t-il eu ou pas un suivi ECG ? (Si pas de suivi, exclure car on n’observe que le risque lié au traitement, qui masque l’effet positif potentiel du traitement)
- Exclure le bourrinage (dosage anormalement fort, par exemple > 1g, de l’HCQ)
- Observer séparément les cas « sévères » et les cas « peu sévères » (les seuls où la bithérapie est censée marcher)
- Eclaircir les imprécisions ou incohérences sur la durée réelle du traitement. Déterminer le moment où le traitement a été donné vs l’apparition des symptômes.
- Tenter de comparer le traitement à une absence de traitement, non pas à un autre traitement.
Ajout 1 (23/05/2020). Philippe Douste-Blazy affirme sur BFM que les groupes dont biaisés et que le groupe de test serait « beaucoup plus malade » que le groupe de contrôle (https://twitter.com/BFMTV/status/1264220444913291265). Sauf erreur de ma part, c’est faux. Les groupes sont équilibrés (Table 2 de l’étude)
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la discrimination n’est plus ce qu’elle était 18 mai 2020
Par Thierry Klein dans : Covid-19.Lu 1 740 fois | ajouter un commentaire
Séparer les enfants des soignants des autres enfants est-il une discrimination ? Pour répondre à cette question, il faut se demander si ces enfants sont séparés à cause de leur origine sociale ou à cause du risque de contagion qu’ils présentent. Dans le premier cas, il s’agit d’une discrimination mais dans le second cas, il s’agit d’une simple mesure de précaution qui semble appropriée, si elle permet d’éviter la contagion.
Si le risque de contagion présenté par les enfants de soignants est nettement supérieur aux autres (ce que très franchement j’ignore et donc ma réflexion n’est, si j’ose dire, qu’un cas d’école), il convient de les séparer et cette séparation n’est en rien une discrimination, mais la contribution citoyenne de l’enfant à la lutte contre l’épidémie. Elle n’est évidemment alors pas liée à l’origine sociale de l’enfant. En fait, la qualifier de discrimination empêche l’enfant de réaliser son devoir. Son devoir étant toujours, enfant ou pas, de protéger son prochain. Un droit qui nous empêche de faire notre devoir, d’agir dans l’intérêt général, est toujours un mauvais droit.
En fait, cette séparation est très comparable, dans l’esprit, à la mise en quatorzaine d’une personne suspecte d’avoir le virus ou d’avoir côtoyé de près une personne infectée. Personne ne songerait à contester cette nécessité. Si nous la contestons ici, c’est que nous avons pris à tort l’habitude de tout voir sous l’angle des droits, et de moins en moins sous l’angle des devoirs. On pourrait d’ailleurs très facilement faire comprendre ceci à tous les enfants, en les en rendant très fiers et sans les inquiéter.
« Ton papa – ou ta maman- est très courageux. Il a pris des risques désintéressés pour les autres, il a fait son devoir, il a sauvé des vies et du coup, toi, tu as plus de chances d’être porteur du virus que les autres élèves. Ne t’inquiète pas, ce virus n’est pas dangereux pour un enfant, mais tu pourrais le transmettre à un autre enfant, qui lui-même le transmettrait à une personne âgée. Ce serait alors le contraire de ce pour quoi tes parents se battent tous les jours et tu peux les aider dans leur travail en y participant, en te mettant pour quelque temps à l’écart ou en te regroupant avec les autres enfants dont les parents aussi ont été très courageux. »
Tous les enfants adorent visiter le lieu de travail de leurs parents s’ils ont la chance de pouvoir le faire. Ainsi, cette séparation « imposée » prolongerait-elle le travail des parents et l’illuminerait, tout en lui donnant tout son sens. Elle créerait sans doute aussi des vocations.
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Une occasion manquée 16 mai 2020
Par Thierry Klein dans : Covid-19,Politique.Lu 1 055 fois | ajouter un commentaire
Le protocole sanitaire qu’a pondu l’administration pour l’industrie du tourisme est extrêmement difficile à appliquer mais il est rationnel. Dans un restaurant, où les clients ne peuvent évidemment être équipés d’un masque, où le risque de contamination est maximal, l’espace de 4m2 par personne est un minimum. Probablement trop peu pour éviter la contagion, mais trop élevé pour permettre au restaurant de gagner sa vie.
La situation est totalement différente du protocole pondu pour l’éducation nationale, 60 pages de délire bureaucratique alors qu’on aurait simplement dû équiper enfants et enseignants de masques. Le masque suffit à éviter la contagion scolaire, on le constate jour après jour partout en Asie.
Deux professions, deux attitudes. La situation des industriels du tourisme est très précaire. Ils sont dans l’obligation absolue de travailler cet été. Ils savent que le protocole va les en empêcher et se battent tous azimuts pour qu’il soit allégé. Ils ont l’énergie du désespoir et ont de grandes chances d’obtenir satisfaction, ce qui serait un contre-sens sanitaire total mais ils luttent. Ils sont à la radio, à la télé, s’expriment de façon très émouvante. Leur énergie les rend sympathiques à tous.
Les enseignants n’ont pas de pression économique à reprendre leur activité et cela contribue, consciemment ou non, à les rendre trop prudents, plus craintifs qu’il n’y a lieu d’être. Les écoles n’ont pas encore rouvert – elles ne le feront que sur plusieurs mois, certaines uniquement en Septembre. Ils se sont appuyés sur la complexité du document pour retarder l’ouverture au lieu de le contester vigoureusement, comme le font les industriels du tourisme.
J’aurais aimé les voir se multiplier dans les média, demandant « simplement » des masques pour tous, profs et élèves et l’annulation des mesures débiles du protocole sanitaire – avec en contrepartie une reprise le 11 mai pour tous. L’école obligatoire, pas le « volontariat », qui est une honte.
C’était une occasion rêvée pour remettre en cause leur administration obèse, qui les opprime et, n’étant même pas capable de fournir des masques pour tous, les empêche de fonctionner à peu près correctement avec ce protocole hors sol. Pour réaffirmer le rôle de l’école, au service de l’instruction des enfants. Pour reprendre le pouvoir. Pour regagner la sympathie des français.
J’avoue être très pessimiste pour l’avenir de l’école. Elle est fragile. Si ceux qui y ont dédié leur vie ne la défendent pas, qui le fera ?
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Pourquoi les essais randomisés en double aveugle donnent des résultats biaisés. 7 mai 2020
Par Thierry Klein dans : Covid-19,Politique.Lu 1 590 fois | ajouter un commentaire
Tout le monde attaque Raoult du fait de ses méthodes empiriques et observationnelles. Mais cette petite étude a analysé les 10 essais randomisés en double aveugle les plus cités au monde et conclut que leurs résultats sont significativement et systématiquement biaisés. Les erreurs méthodologiques abondent car la méthode est très complexe, parfois impossible à mettre en oeuvre. Les études ne sont pas non plus indépendantes des laboratoires, les personnels participant à l’étude étant souvent payés par les labos.
Le plus honteux est le « biais publicitaire » (à entendre au sens de « biais de publication ») des études (best result bias). Sans doute dans le but d’être publiées, les études ne font preuve que de peu d’esprit critique vis à vis des résultats qu’elles obtiennent, masquent les résultats négatifs, cachent sous le manteau les problèmes méthodologiques.
C’est toute la recherche médicale qui est touchée par ce biais publicitaire, qui est une forme de perversion ou même de négation de la démarche scientifique. J’ai lu des dizaines d’études depuis le début du confinement et malheureusement, je ne peux que confirmer ce point.
Autant dire que les reproches faits aux études de Raoult, qu’ils soient justifiés ou non, sont d’une mauvaise foi ou d’une naïveté absolues (c’est selon).
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Une journée ordinaire (6 mai 2020)
Par Thierry Klein dans : Covid-19,Politique.Lu 918 fois | ajouter un commentaire
Une déclaration ministérielle qui n’a pas très bien vieilli.
Méfiant depuis leur article délirant sur la pharmaco-cinétique de la chloroquine, je parcours à nouveau le site de Sciences et Avenir… Encore une perle avec cet article judicieusement nommé « Masques et gants, fausse bonne idée contre le coronavirus » qui contient en particulier cette remarque éclairée d’Olivier Véran (celui qui a interdit aux médecins de ville toute prescription de chloroquine / AZT pour soigner le Covid):
« »Je suis surpris de voir par la fenêtre de mon ministère le nombre de personnes qui sont dans la rue avec des masques (…) alors que cela ne correspond pas à des recommandations »
« Discovery », le nom était mal choisi
Des nouvelles de nos champions du test scientifique-methodologique-tout-bien-comme-il-faut-c-est-promis-juré. « Discovery n’ira sans doute pas au bout » (Le Figaro) parce que le coronavirus sera fini avant qu’ils n’aient pu rassembler assez de patients. Ceux qui critiquaient les études de Marseille n’auront pas su, à grands frais, rassembler les moindres données. Eussent-ils produit des études, aucune conclusion n’aurait pu en être tirée car le traitement testé n’était pas celui de Raoult.
On les tient décidément, nos champions.
L’humour des chercheurs
L’humour dans un papier de recherche, c’est assez rare mais c’est pourtant le cas dans cette analyse critique de l’équipe de l’IHU de Marseille concernant une étude chinoise montrant un net effet positif de l’hydroxychloroquine que j’avais critiquée ici.
La table ci-dessous suggère en gros que si vous faîtes tout bien, au top du top de la méthodologie dite scientifique, vous tuez des milliers de gens. Et que 15 à 20 000 personnes sont mortes en France pour, Mesdames et Messieurs, j’ai nommé : La Preuve Scientifique.
Auparavant, on donnait parfois son corps à la science, aujourd’hui on peut le donner à La Preuve. C’est sans doute un énorme progrès.
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